引物二聚體作為 PCR 的副產物，有時候是主要產物充斥著我們的整個 PCR 實驗過程。引物二聚體其實就是一對引物或者引物自身的 3’ 端部分堿基互補結合，在 Taq 酶的作用下從 3’ 末端延伸所形成的小分子量的雙鏈 DNA 片段。
一、引物二聚體的形成：
1）最根本的原因是引物之間或者引物自身 3’ 端部分堿基互補結合
2）模板量過低
3）引物濃度過大
4）引物長度過短
5）退火溫度低
6）循環次數過高
二、引物二聚體和目的條帶區分：
因為引物二聚體的大小從幾十 bp 至幾百 bp 不等，所以當你的目的條帶的分子量比較小的時候，電泳后所看到的結果不一定是目的條帶，很有可能是引物二聚體，所以我們需要一個有效的方法來區分二者。
當我們對引物二聚體形成的本質了解了之后，想要區分二者其實并不難，我相信大家看到這里的時候已經知道了引物二聚體形成的本質了，但是我還要強調一遍：引物二聚體形成的本質其實就是引物之間或者引物自身的 3’ 端區域存在部分互補結合。
也就是說，引物的形成是不需要模板的參與的，所以我們只需要在電泳的時候添加一組對照就可以有效的判斷是否有引物二聚體的形成，以及如果有引物二聚體的形成，它的分子量是多大，從而區分開引物二聚體和目的產物。
這個對照就是：模板用 H2O 替代，其他的都一樣。這樣的話，如果這個泳道有條帶出現，那說明形成了引物二聚體（當然前提就是該體系沒有被模板污染）。從這里也可以看出設置對照的重要性，一個巧妙的對照往往可以達到事半功倍的效果。
三、消除引物二聚體辦法：
1）重新設計引物，這是解決該問題最根本的辦法
2）增加模板用量
3）減小引物濃度
4）引物長度適中
5）提高退火溫度
6）減少循環次數
7）可以適當的在 Mix 中添加少量的甘油或 DMSO
最后基本上消滅二聚體，最核心的注意:
1）、3'尾巴的三個堿基最好不要全部是 G 或 C 組成的；
2）、3'尾巴的三個堿基的互補序列不要出現在兩條引物序列里。
