在整個PCR體系中，引物占有十分重要的地位。PCR的特異性要求引物與靶DNA特異結合，不與其他非目的的DNA結合，PCR的靈敏性要求DNA聚合酶能與引物進行有效的延伸，可見引物設計好壞與PCR結果密切相關。
一、方法不同
1、普通pcr引物設計：引物的優劣直接關系到PCR的特異性與成功與否。
2、熒光定量pcr引物設計：通過熒光染料或熒光標記的特異性探針，標記跟蹤PCR產物進行實時監測反應，利用與之相適應的軟件對產物進行分析，計算待測樣品模板的初始濃度
二、原理不同
1、普通pcr引物設計：為了找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地擴增模板DNA序列。
2、熒光定量pcr引物設計：在PCR反應體系中加入熒光基團，通過熒光信號不斷累積而實現實時監測PCR全程，然后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。在實時熒光定量PCR中，對全程PCR擴增過程進行實時檢測，根據反應時間和熒光信號的變化可以繪制成一條曲線。
三、注意事項不同
1、普通pcr引物設計：引物應用核酸系列保守區內設計并具有特異性。產物不能形成二級結構。引物長度在15~30堿基之間。
2、熒光定量pcr引物設計：實時熒光定量 PCR 儀應安放在濕度較低、灰塵較少、遠離水池的平穩臺面上，不能有強光直射，室內應通風良好，無腐蝕性氣體
